Desde el 10 de agosto de 2025, las Fuerzas Armadas iniciaron la retirada de ocho de las 19 cárceles bajo su control, transfiriendo la seguridad a la Policía Nacional, mientras continúan temporalmente en 11 centros, como la Penitenciaría del Litoral y la Cárcel Regional de Guayaquil, bajo la supervisión del SNAI.
Los centros donde se retiraron los militares incluyen Archidona (Napo), Latacunga (Cotopaxi), Jipijapa (Manabí), Santo Domingo de los Tsáchilas, Quevedo (Los Ríos), El Turi (Azuay), Machala (El Oro) y Loja. Sin embargo, las Fuerzas Armadas mantendrán presencia en 11 cárceles clave, como la Penitenciaria del Litoral, la Cárcel Regional de Guayaquil y la prisión de Esmeraldas, bajo el control del Servicio Nacional de Atención Integral a Personas Adultas Privadas de la Libertad (SNAI). Esta transición sigue al decreto de conflicto armado interno del presidente Daniel Noboa el 9 de enero de 2024, cuando los militares asumieron la seguridad tras informes de inteligencia que señalaban a las cárceles como centros operativos delictivos.
La presencia militar, aunque efectiva para reducir masacres, generó controversias: organizaciones de derechos humanos denunciaron excesos de fuerza, y se detectó infiltración de grupos criminales, con una docena de uniformados detenidos por introducir teléfonos, armas y drogas. Además, el 20 de junio, 19 militares fueron procesados por facilitar la fuga de Federico Gómez Quinde, alias ‘Fede’, cabecilla de Las Águilas, quien escapó disfrazado de militar desde la Penitenciaria del Litoral.
El cambio busca reestructurar la seguridad penitenciaria, aunque los desafíos de corrupción y control persisten en los centros donde los militares aún operan.
